В 1685 в Богоявленском монастыре основана школа братьями Иоанникием и Софронием Лихуды. В 1687 году она переехала в собственное здание при Заиконоспасском монастыре. Именно этот год считается официальной датой основания академии.
Преподавали в академии грамматику, пиитику, риторику, логику и физику на латинском и греческом языках, но первостепенное значение уделялось изучению греческого языка и культуры.
Прохождение курса тогда было рассчитано на 13 лет. Обучение было разделено на 8 классов или, как в то время говорили, на 8 "школ", которые включали в себя 4 низших класса: "фара", "инфирма", "грамматика", "синтаксима", два средних: "пиитика" и "риторика", два высших: "философия" и "богословие". Обучение велось круглый год.
В низших классах шло обучение славянскому и латинскому языкам, арифметике, истории, географии, катехизису. По истечении четырех лет ученики свободно читали и писали по-латыни. В средних классах они продолжали учить латинский язык, чтобы через два года говорить на нем, и осваивали стихосложение, литературное сочинение, красноречие и главный предмет академии - богословие. Отдельный предмет в академии составляла поэзия.
Академия с 1687 года носила название Эллино-греческой академии, с 1701 по 1775 годы Славяно-латинской, а с 1775 по 1814 год Славяно-греко-латинской академии, затем академия переведена в Троице-Сергиеву лавру и преобразована в Московскую духовную академию.
Ректорами академии являлись настоятели монастыря. Преподавание велось братьями Лихуд и монахами Заиконоспасского монастыря. Академия была всесословным учреждением. Академия готовила образованных людей для государственной службы и церкви. В годы расцвета, в начале XIX века, в академии обучалось свыше 1600 человек.
